論文詳細 
原文の要約 :
Many drugs, even ones that are designed to act selectively on a target protein, bind unintended proteins. These unintended bindings can explain side effects or indicate additional mechanisms for a drug's medicinal properties. Structural similarity between binding sites is one of the reasons for bind...掲載元で要旨全文を確認する
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ラクダ博士は、Health Journal が論文の内容を分かりやすく解説するために作成した架空のキャラクターです。
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* ラクダ博士による解説は、あくまで論文の要点をまとめたものであり、原論文の完全な代替となるものではありません。詳細な内容については、必ず原論文をご参照ください。
* ラクダ博士は架空のキャラクターであり、実際の医学研究者や医療従事者とは一切関係がありません。
* 解説の内容は Health Journal が独自に解釈・作成したものであり、原論文の著者または出版社の見解を反映するものではありません。


引用元:
https://doi.org/10.1002/prot.21933

データ提供:米国国立医学図書館(NLM)

タンパク質リガンド結合部位の構造を比較する方法とタンパク質-薬物相互作用予測への応用

多くの薬物、特に標的タンパク質に選択的に作用するように設計された薬物は、意図しないタンパク質に結合します。これらの意図しない結合は、副作用を説明したり、薬物の薬理学的特性の追加のメカニズムを示唆したりすることができます。結合部位の構造的類似性は、複数の標的に結合する理由の 1 つです。タンパク質の溶媒に露出した表面の原子における局所的な原子環境の類似性を利用して、原子の構造アラインメントを行う方法を開発し、NCBI が提供する非冗長タンパク質構造サブセット (nrPDB) から 48,347 の潜在的なリガンド結合領域に対して、すべての構造比較を行いました。リガンド結合領域の類似性と、結合領域を含むタンパク質のグローバル構造の類似性との関係を調べました。グローバルフォールドが異なるにもかかわらず、構造が類似していることがわかった、既知のリガンド結合領域のペアを 10,403 個発見しました。これらのうち、リガンドと結合モードが類似している、281 個の領域のペアを検出しました。これらのタンパク質は、収斂進化の好例です。さらに、構造的類似性の Z スコアと PubChem BioAssay データベースの「アクティブ」エントリの真陽性率との間に有意な相関関係があることを発見しました。さらに、NMR 実験によって、イブプロフェンと新しい標的であるブタ膵臓エラスターゼとの相互作用を確認しました。最後に、この方法を使用して、新しい薬物-標的タンパク質相互作用を予測しました。105 の薬物 (例: カプトプリル、ロバスタチン、フルルビプロフェン、メチラポン、サリチル酸) に対して 540 個の予測を得て、AutoDock シミュレーションを使用して結合親和性を計算しました。これらの構造比較の結果は、http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/fold/database.html で入手できます。

タンパク質-薬物相互作用の予測は、新しい薬物の開発に役立つ

研究によると、タンパク質のリガンド結合部位の構造比較によって、新しい薬物-標的タンパク質相互作用を予測できることが示されました。この方法は、新しい薬物の開発に役立つ可能性があります。

薬物を使用する際の注意点

薬物は、意図しないタンパク質に結合し、副作用を引き起こす可能性があります。そのため、薬物を服用する際には、医師の指示に従って、正しく服用することが重要です。

ラクダ博士の結論

砂漠のラクダは、長い年月をかけて、厳しい環境に適応してきました。ラクダの体は、砂漠の厳しい環境の中で生き抜くために、様々な機能を備えています。同様に、薬物は、人間の体の様々なタンパク質に結合し、様々な効果を発揮します。薬物の効果を最大限に引き出し、副作用を最小限に抑えるためには、薬物の作用機序を理解することが重要です。

日付 :
  1. 登録日 2008-07-21
  2. 改訂日 2008-06-03
詳細情報 :

Pubmed ID

18214952

DOI(デジタルオブジェクト識別子)

10.1002/prot.21933

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